Probleme mit server.properties und git, Einträge bewegen sich hin und her

Hallo liebes Forum,
ich habe ein Problem mit der server.properties Datei und der Versionsverwaltung git. Ich möchte einen Minecraft Server aufbauen und dabei meine Änderungen in git festhalten. Jedoch sind jedes mal in der server.properties Datei Änderungen wenn ich den Server starte. Es werden einfach Einträge in keinem fest erkennbaren Muster nach unten verschoben. Hier meine Vorgehensweise:

1. Ich erstelle einen leeren Ordner und lege die Server jar darin ab. In diesem Beispiel spigot-1.10.2.jar.
2. Ich öffne das Terminal (Ich nutze Mac OS X El Capitan) und wechsle in den vorhin erstellten Ordner.
3. Dann rufe ich den Befehl "java -Xmx1024M -Xms1024M -jar spigot-1.10.2.jar" auf.
4. eula.txt, logs/ und server.properties werden generiert. Ich setze eula=true und rufe den Befehl aus schritt 3 erneut auf.
5. Jetzt werden die Welten, whitelist und andere Dateien generiert und der Server ist gestartet.
6. Nun stoppe ich den Server per stop Kommando.
7. Nun erstelle ich im gleichen Ordner ein git Repository mit "git init". Ich nutze "git version 2.7.4 (Apple Git-66)".
8. Dann lege ich mit "touch .gitignore" eine gitignore Datei an und trage die Dateien ein die ich nicht versionieren möchte. Bei mir sind das:
   .DS_Store, banned-ips.json, banned-players.json, logs/, ops.json, spigot*.jar, usercache.json, whitelist.json, world/, world_nether/, world_the_end
9. Bei einem git status sind bei mir folgende untracked files: .gitignore, bukkit.yml, commands.yml, eula.txt, help.yml, permissions.yml, plugins/, server.properties, spigot.yml
10. Diese adde ich dann mit "git add ." und committe mit "git commit -am "initial commit"".
11. Damit habe ich den initialen Commit und die Standard Konfiguration gesichert.
12. Jetzt kommt der entscheidende Punk: Wenn ich nun den Server starte (gleicher Befehl wie aus Schritt 3) dann funktioniert das auch, alles gut. Dann stoppe ich den Server wieder mit stop.
13. Wenn ich jetzt ein "git status" mache, sehe ich, dass sich die Dateien server.properties und spigot.yml verändert haben.
14. Bei einem "git diff server.properties" sehe ich folgende Änderungen:
    
    Code:

    diff --git a/server.properties b/server.properties
    index cc1e474..0d5fdc1 100644
    --- a/server.properties
    +++ b/server.properties
    @@ -1,5 +1,5 @@
    #Minecraft server properties
    -#Wed Jul 27 18:54:55 CEST 2016
    +#Wed Jul 27 19:17:16 CEST 2016
    generator-settings=
    op-permission-level=4
    allow-nether=true
    @@ -11,26 +11,26 @@ server-port=25565
    max-world-size=29999984
    level-type=DEFAULT
    enable-rcon=false
    -level-seed=
    force-gamemode=false
    +level-seed=
    server-ip=
    network-compression-threshold=256
    max-build-height=256
    spawn-npcs=true
    white-list=false
    spawn-animals=true
    -hardcore=false
    snooper-enabled=true
    +hardcore=false
    resource-pack-sha1=
    online-mode=true
    resource-pack=
    pvp=true
    difficulty=1
    enable-command-block=false
    -gamemode=0
    player-idle-timeout=0
    +gamemode=0
    max-players=20
    spawn-monsters=true
    -generate-structures=true
    view-distance=10
    +generate-structures=true
    motd=A Minecraft Server

    Das Datum im Kommentar hat sich verändert, der Eintrag "level-seed=" ist einfach um 2 Zeilen nach unten verschoben worden, der Eintrag "hardcore=false" wurde um 2 Zeilen nach unten verschoben, bei "gamemode=0" und "generate-structures=true" genau das gleiche.
    Warum werden die Einträge hier einfach sinnlos nach unten verschoben?? Genau das gleiche in der Datei spigot.yml.
    
15. Nun gut was auch immer das gewesen sein mag. Denke ich mir committe ich das einfach mal: "git commit -am "Order of entries changed""
16. git status zeigt, dass jetzt keine Änderungen mehr vorhanden sind. Starte den Server erneut mit dem Kommando aus Schritt 3.
17. Stoppe den Server wieder mit stop.
18. Und schon wieder sind Änderungen in server.properties und spigot.yml !
19. git diff server.properties zeigt:
    
    Code:

    diff --git a/server.properties b/server.properties
    index 0d5fdc1..376eca3 100644
    --- a/server.properties
    +++ b/server.properties
    @@ -1,5 +1,5 @@
    #Minecraft server properties
    -#Wed Jul 27 19:17:16 CEST 2016
    +#Wed Jul 27 19:29:16 CEST 2016
    generator-settings=
    op-permission-level=4
    allow-nether=true
    @@ -19,18 +19,18 @@ max-build-height=256
    spawn-npcs=true
    white-list=false
    spawn-animals=true
    -snooper-enabled=true
    hardcore=false
    +snooper-enabled=true
    resource-pack-sha1=
    online-mode=true
    resource-pack=
    pvp=true
    difficulty=1
    enable-command-block=false
    -player-idle-timeout=0
    gamemode=0
    +player-idle-timeout=0
    max-players=20
    spawn-monsters=true
    -view-distance=10
    generate-structures=true
    +view-distance=10
    motd=A Minecraft Server

    Nun hat sich auch der Kommentar mit dem Datum geändert, "snooper-enabled=true" ist 2 Zeilen nach unten gegangen, "player-idle-timeout=0" auch, "view-distance=10" auch. In spigot.yml wurden auch wieder Teile nach unten verschoben.
20. Das wiederholt sich so, egal wie oft ich die Änderungen committe, bei jedem Server start werden zufällige Einträge in server.properties und spigot.yml nach unten verschoben.
21. Das gleiche verhalten stelle ich auch bei dem Minecraft Vanilla Server fest. Getestet habe ich es mit Version spigot 1.10.2, vanilla 1.10.2, 1.9.2, 1.8.9. Scheint also kein spigot spezifisches Problem zu sein.
22. Ich bin ratlos. Warum werden die Einträge vom Server einfach durcheinander gemischt? Soll das ein Feature sein, das verhindert Versionskontrollen von der server.properties anzulegen?

Ich hoffe es gibt ein paar schlaue Köpfe die mein Problem nachvollziehen können und vielleicht einen Lösungsansatz haben.